Hola Ramiro,
Por lo que veo en subir cursos se puede hacer vía csv: https://docs.moodle.org/all/es/Subir_cursos#Campos_de_acci.C3.B3n_del_curso mediante el campo course process, dándole 1 a delete. Aunque hay que saberse los nombres cortos de los cursos para esto, por lo cual es algo engorroso y bien lo puedes eliminar uno a uno.
Desconozco si por base de datos, vía php se pueda hacer de manera más sencilla, consultando por la antigüedad que dices.
Tampoco sabemos qué versión de Moodle estarías utilizando ... Una cosa sencilla es ir poniendo todos los cursos viejos en una misma categoría, que luego puedes ocultar o bien eliminar la categoría y al hacerlo eliminarías todos los cursos que estuvieran comprendidos en ella.
( Página Principal / ▶ Administración del sitio / ▶ Cursos / ▶ Administrar cursos y categorías / ▶ )
Es decir que si ya tienes todos los cursos viejos en una categoría, con eliminar la categoría automáticamente elimina todos los cursos que hay en ella.
Sin embargo no es mucho lo que ocupan los cursos, por lo que bien podrías simplemente ocultarlos para que no lo vean los estudiantes y que estén para que accedan sus docentes, de ser necesario.
Saludos,
Mario