Hola
90 minutos es mucho tiempo, sobre todo si el cuestionario está en una única página. En ese caso podría suceder que el sistema desconecte al usuario por inactividad (ese ajuste está por defecto en Servidor >> Gestión de la sesión) ya que aunque esté navegando en el cuestionario con contará como actividad en el sitio hasta que cambie página o guarde los datos. Si sucediera eso, simplemente se guardaría el intento sin los datos de las respuestas. Poner varias páginas al cuestionario podría ser una solución.
También podría suceder que el alumno empezase su intento cerca de la hora límite, al alcanzarla podría cerrar el intento sin guardar los cambios.
Un saludo