Affinchè Moodle possa installare plugin dalla sua interfaccia web è necessario che l'utente con il quale gira il processo del web server abbia i permessi di scrittura sulle cartelle di installazione. Il fatto che tu possa scrivere sulle cartelle con l'utente FTP non implica necessariamente la premessa precedente.
Se questo fosse il caso e se non hai modo di aggiustare la titolarità di scrittura, puoi comunque installare il plugin manualmente via ftp. A tal proposito ti segnalo la seguente recente discussione su un tema analogo:
Nel caso di Moodle 2.6, di seguito il paragrafo della documentazione che ti può interessare: