Hola Manuel,
Si no es fácil la actualización del software de la máquina donde vas a instalar Moodle, entonces te recomendaría instalar la versión más alta posible según las versiones del software disponible.
Cualquier rama que has mencionado funciona bien. De la 2.4 escoge la más alta: 2.4.11; de la rama 2.5, la más alta es 2.5.9; de la rama 2.6, la 2.6.11.
En el link que te envié se indican los requerimientos (versiones) del software necesario.
Según el software que tenga instalada la máquina, escoge la versión más alta que pueda soportar.
Por otro lado, para producción, yo personalmente, no instalaría una versión 2.9.x porque va por la 2.9+, es muy temprana y pueden haber errores que se irán corrigiendo en versiones posteriores.
Pero una 2.8.x ya está bastante madura. Si tu software lo soporta, es la mejor opción (2.8.6+)
Por el hardware, no creo que tengas mayores problemas si no los has tenido ya.
Según comentas la máquina tiene un procesador de 64bits. El inconveniente estaría en la cantidad de ram instalada siempre y cuando hubieran muchos usuarios concurrentes. Pero, ya habrías tenido problemas en este sentido antes.
En cuanto a PHP, 5.3.28 es mayor que 5.3.3.
Aquí tienes una referencia: http://es.wikipedia.org/wiki/Versi%C3%B3n_de_software
Saludos
JP