Hola Magdalena,
A mí me pasó instalando la versión 2.9 en un servidor dedicado. Creo que podrías tener una configuración errónea en el 'tiempo máximo de ejecución' de PHP. Esta configuración está en el archivo 'php.ini' del servidor. Lo más seguro es que hubiera que aumentar el tiempo establecido.
Si tienes acceso a él, podrás modificarlo. Si no, por ejemplo si usas un servicio de hosting, tendrás que ponerte en contacto con el soporte técnico para que te indiquen cómo hacerlo.
Aquí tienes una referencia en el punto Nº 6: https://docs.moodle.org/all/es/FAQ_Administraci%C3%B3n
JP