Te recomiendo que revises los AD-HOC de Moodle desde aquí, ahi tienes la consulta para sacar la cantidad de alumnos matriculados de un curso, por ejemplo la consulta de mas abajo te devuelve el número de estudiantes de cada curso, en el Where puedes aumentar el valor USER.id y vas consultando uno a uno por todos tus usuarios de la tabla USER, obviamente si el count devuelve 0 significa que ese usuario no está matriculado en ningún curso, quizás hay otra consulta que te ayude mejor pero esa fue la primera útil que encontré por ahi lo adaptas mejor a lo que quieres y funciona tal cual como quieres
Student (user) COUNT in each Course
Including (optional) filter by: year (if included in course fullname).
SELECT concat('<a target="_new" href="%%WWWROOT%%/course/view.php?id=',course.id,'">',course.fullname,'</a>') AS Course
,concat('<a target="_new" href="%%WWWROOT%%/user/index.php?contextid=',context.id,'">Show users</a>') AS Users
, COUNT(course.id) AS Students
FROM prefix_role_assignments AS asg
JOIN prefix_context AS context ON asg.contextid = context.id AND context.contextlevel = 50
JOIN prefix_user AS USER ON USER.id = asg.userid
JOIN prefix_course AS course ON context.instanceid = course.id
WHERE asg.roleid = 5
# AND course.fullname LIKE '%2013%'
GROUP BY course.id
ORDER BY COUNT(course.id) DESC
Saludos y suerte