При обновлении moodledata не трогала, файл config.php со старой версии перенесла на новую, а с базой ничего не делала.
Но мне нужны были именно отдельные курсы, а не бэкап всего добра. Бывает же необходимость поделиться с кем-то курсом или переработать до неузнаваемости, сохранив при этом начальный вариант.
Сейчас у меня 2.8.1+ стоит.