Hola
No me suena que haya ninguna opción que pueda hacerlo.
Tal vez podrías actualizar login/index.php y, tras previamente configurar el alternateloginurl, incorporar algún valor (variable de sesión por ejemplo) para discriminar la ruta (carpetas diferentes) en caso de logout, con el objetivo de llevar a cabo un nuevo login en una carpeta determinada.
El login se debería hacer desde un form en index.php (login.php debería llevar a cabo la lógica)
Dicho de otra manera
user1, debe tener asignada una variable que almacene '/empresa1/'
user2, debe tener asignada una variable que almacene '/empresa2/'
Recuperamos a qué empresa pertenece la sesión, en este caso del user1
$mycustomer = '/empresa1'
// original code
// $loginurl = $CFG->alternateloginurl;
// new code
// $loginurl = $CFG->alternateloginurl.$mycustomer;
Debes ponderar en todo caso que se trata tan sólo de una opción y que está afectando al core de Moodle.
Saludos!!