Hola
Disculpa que creo que no me expresé con más claridad.
clean está heredando de $THEME->parents = array('bootstrapbase');
Entonces deberemos dirigirnos a
theme\bootstrapbase y es ese el config.php que nos da la información
Localizamos el array con el layout del course y de esa manera podemos personalizarlo, adaptándolo sólo a este theme y no al core de Moodle.
Saludos!!