Hola
Tratare de darte una respuesta lo más completa posible, pero a la vez con pocos tecnicismos, por qué hay mucho para decir sobre el tema.
Por puntos
Punto uno
La copia exacta es por así decirlo un estado actual, en mi caso por ejemplo tengo una copia del estable y voy trabajando sobre ella, pero la copia no es más que copiar la carpeta moodledata y modle y moverlas de ubicación, por ejemplo copias moodledata a moodledata1 y moodle a copiamoodle (en mi caso ingreso por www.sitio.com/moodle) y una copia de la base de datos.
el truco esta en que debes cambiar estos valores en el archivo de configuración
config.php
según el ejemplo que te di
original
unset($CFG);
$CFG->dbtype = 'mysql';
$CFG->dbhost = 'localhost';
$CFG->dbname = 'moodle';
$CFG->dbuser = 'user';
$CFG->dbpass = 'pass';
$CFG->dbpersist = false;
$CFG->prefix = 'mdl_';
$CFG->wwwroot = 'http://www.sitio.com/moodle';
$CFG->dirroot = '/var/www/moodle';
$CFG->dataroot = '/var/moodledata';
$CFG->directorypermissions = 0777;
sitio "copia" (mismo servidor)
unset($CFG);
$CFG->dbtype = 'mysql';
$CFG->dbhost = 'localhost';
$CFG->dbname = 'moodlecopia'; <-- se cambia
$CFG->dbuser = 'user';
$CFG->dbpass = 'pass';
$CFG->dbpersist = false;
$CFG->prefix = 'mdl_';
$CFG->wwwroot = 'http://www.sitio.com/moodlecopia'; <-- se cambia
$CFG->dirroot = '/var/www/moodlecopia'; <-- se cambia
$CFG->dataroot = '/var/moodledata1'; <-- se cambia
$CFG->directorypermissions = 0777;
esto es la versión más simple de una copia algo así como directo, pero entrega la idea de lo que te quiero decir
todas las copias y otros ya sea en el mismo servidor u otro se configuran (en la forma de acceder) en el archivo de configuración config.php es decir que cuando quieras mover una "copia" a producción puedes simplemente mover las carpetas de la "copia" y configurar el config.php que se identifique con el original ejemplo ... instalas nuevo módulo en desarrollo (la copia) funciona todo ok acá tienes dos opciones respaldas producción y instalas el modulo ahí mismo o te das el trabajo de mover todo a desarrollo y luego cuando este todo actualizado ahí copiar a producción (copiar carpetas y base de datos)
Esto con más de un servidor puede ser demoroso, pero termina siendo buena opción demoraras como 3 horas entre cambios (a lo más).
Segunda pregunta
Si quieres copias exactas existen soluciones por HW que entregan alta disponibilidad y realizan este proceso previa configuración.
si lo quieres hacer (con menos recursos) puedes tener un script en el servidor que permita realizar en las noches la copia directa del sitio (moodle, moodledata, base de datos) sobre otro y con eso tendrías copia diaria y para remplazar solo deberías cambiar el dns que te redireccione a la IP dos (cambiando el acceso en config.php) luego para volver a tu antigua maquina debes tener claro que tendrás que copiar a lo menos la carpeta moodledata y la base de datos (si es que no instalaste algo en moodle).