Prova a verificare se i file che non vedi sono presenti nella cartella "moodledata" ripristinata. Per farlo individua il nome di un file non visualizzato e poi cercalo nel database di Moodle nella tabella "mdl_files", campo "filename". Ricava il valore corrispondente di "contenthash".
Supponendo che "contenthash" di quel file sia "1ddf5b375fcb74929cdd7efda4f47efc61414edf", controlla che tale file sia presente in "moodledata/filedir/1d/df/1ddf5b375fcb74929cdd7efda4f47efc61414edf", dove le cartelle /1d/df/ sono costruite con i primi 4 caratteri di "contenthash". Se il file è presente, verificane lo sha1sum seguendo le indicazioni presenti nel paragrafo https://docs.moodle.org/dev/File_API_internals.
Se il file c'è e non è corrotto, il problema potrebbe annidarsi altrove, ad esempio permessi non corretti su parte delle sottocartelle e dei file all'interno della cartella moodledata.