Gracias por toda la ayuda Servando. Tire por la solucion drastica ya que solo tenia configurado un curso. Es decir, borrar y reinstalar.
Pues resulta que he vuelto a reinstalar moodle descargando el paquete de esta web y de nuevo tenia el error de las calificaciones.
Intente instalarlo desde mi cpanel con la opcion que me venia de instalar packweb y en esta ocasion si que me deja cambiar todo lo relativo a las calificaciones asi que me quedo con el pack instalado desde mi cpanel.