Hola,
A la hora de gestionar el theme del usuario debes de tener en cuenta qué política de estilos tiene tu Sitio.
Administración del sitio Apariencia Temas Ajustes de temas
Hay preferencias, y el theme de un course prima sobre el theme del user
«Si activa esta opción, se permitirá a los cursos ajustar sus propios temas. Los temas de los cursos pasan por alto cualesquiera otras opciones de tema (sitio, usuario o sesión)»
Entonces parece que lo quizás más podría encajaros es tener un theme por curso (Cliente) y además que cada usuario tenga su theme determinado.
Como te indicábamos, esto lo puedes hacer vía CSS (tocaría tocar algo de código para que fuese reconocido este campo, que a priori no lo hace) y que parece lo más cómodo, bien en login/index.php, hacer algo parecido a incorporar en el objeto $user el ->theme de cada cliente en particular, aunque recuerda que esto supone tocar el core del Sistema.
Espero que pueda serviros
Saludos!!