Bonjour,
Je ne suis pas certain d'avoir bien compris la question, mais il est tout à fait possible à l'enseignant de chaque cours (et a fortiori à l'administrateur) de supprimer de chaque cours les blocs non souhaités (en activant le mode édition).
L'administrateur peut également ne pas activer un certain nombre de blocs, afin d'être certain qu'ils ne seront pas utilisés : voir "Administration du site > Plugins > Blocs > Gestion des blocs".
Et on peut aussi définir par défaut (via des réglages dans le fichier de configuration config.php) quels blocs seront affichés (et ou) sur les nouveaux cours créés.
Si cela ne répond pas (entièrement) à la question, merci de bien vouloir détailler.
Cordialement,
Séverin