In linea generale per eliminare utenti non devi eliminarli dalla tabella del database, puoi eliminarli dalla interfaccia di Moodle. In questo modo gli utenti saranno eliminati logicamente ma non fisicamente e sarà semplice ripristinarli in caso di necessità.
Nel tuo caso probabilmente la cosa più diretta è ripristinare l'ultimo backup del database che conterrà anche i record eliminati accidentalmente, poi procedere alla eliminazione degli utenti indesiderati tramite interfaccia di Moodle
Come ipotesi di lavoro alternativa potresti provare a leggere l'id di un utente ancora esistente dalla tabelle "mdl_user" ed inserire tale valore nell'elenco "comma separated" che identifica gli id degli utenti admin. Tali id sono memorizzati nella tabella "mdl_config" (il prefisso "mdl_" può essere diverso nella tua installazione), dove name="siteadmins" e "value" è l'elenco degli id degli utenti con funzione di amministratore di Moodle.
Per semplicità scegli un utente che possa aiutarti con le proprie credenziali di accesso.