Hola,
Para poder ordenar las actividades en el Libro de calificaciones lo más recomendable es crear categorías (para cada tema del curso, por ejemplo) y ubicar las distintas actividades en la categoría requerida.
Para ello, accede a la "Vista completa" desde el Libro de calificaciones y debajo de la página verás dos botones: uno para crear categorías y otro para crear ítems de calificación.
Una vez hayas creado las categorías deberás mover las actividades en cada una de ellas.
Un saludo,
RD