Ciao Alessandra,
OK, vediamo di spiegare passo passo come affrontare le due proposte che ora hai spiegato:

1. Rispacchettare gli zip sulla piattaforma: è molto semplice, anche se non hai da parte gli zip. Se tu ripubblichi esattamente lo stesso zip non succederà nulla ai tuoi dati di tracciamento visto che è lo stesso zip. Problema: Moodle prova ad essere intelligente a volte e questa volta ci riesce perché vede che lo zip che gli stai proponendo è lo stesso è uguale a quanto già pubblicato e non procede alla sostituzione dei files dato lo zip che gli hai proposto. Unico modo per forzare l'aggiornamento è: procurarsi lo zip originale (puoi scaricarlo dalla piattaforma se non lo trovi più o non sei certa che sia la versione che è stata pubblicata), dezipparlo, sostituire tutti i files che vuoi MA NON il file imsmanifest.xml, ricomprimere il tutto facendo in modo che il file manifest sia a livello root dell'archivio e aggiornare l'attività con lo zip ora "leggermente" modificato. Per essere tranquilla che tutto vada comee ti aspetti, devi provare il procedimento prendendo uno zip di quelli "incriminati" ed originali, crei un corso nascosto, pubblichi il package in quel corso, lo frequenti per avere dei dati di tracciamento e ne prendi nota, aggiorni lo zip in quel corso nascosto secondo quanto sopra e controlli i dati di tracciamento: devono risultare uguali ai precedenti;
2. Aggiornare i singoli files: devi purtroppo imparare come Moodle gestisce internamente i files. Per ogni file, esiste una descrizione logica su database (tabella: mdl_files) e quindi il file fisico memorizzato dentro la DATAROOT in $CFG->dataroot\filedir dove vedrai tante strane cartelle fatte di due lettere che al loro interno nascondono altre cartelle da due lettere ed infine dei files che hanno come nome sempre 40 caratteri. Il nome di quel file corrisponde alla colonna mdl_files.contenthash. La spiegazione di tutto ciò la trovi in https://docs.moodle.org/dev/File_API_internals#File_storage_on_disk e un esempio "colorato" lo trovi in https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=274908#p1182456. In breve: come ti scrivevo, SENZA del codice NON è possibile aggiornare quei files.

Come fare a trovare gli script che "non" caricano? F12 dal tuo browser e ti segni la URL dello script e l'errore: troverai probabilmente un HTTP 404 segno che Moodle per qualche ragione non li trova più, ti annoti il nome, li cerchi nella tabella dei files sopra indicata, prendi nota del content hash e li cerchi sul pool di files della DATAROOT. Per capire come mai Moodle ti restituisca l'eventuale 404, attiva il debugging a livello DEVELOPER e nella istanza di browser dove ti sei connessa apri un altro tab e inserisci l'esatta URL dello script "incriminato": dovrebbe apparirti una descrizione dell'errore a video.

Ti faccio quindi una 3^a proposta: non è che nella procedura di update si sono corrotti i files o i loro permessi di accesso? Dovresti descrivere quale sia stata la procedura di aggiornamento per valutare ipotesi.

BTW, una volta trovati i files confronti il loro contenuto con quelli originali: se sono gli stessi allora hai un problema di permesso sul singolo file (probabile se per la migrazione di versione hai fatto un clone della vecchia versione). Nota: NON puoi aggiornarli direttamente senza riaggiornare il content hash nella tabella e di conseguenza il nome file ed il suo posizionamento pena possibili problemi in futuro se l'hash del file non corrisponda a quanto indicato su database. E' una procedura lunga ma non è impossibile: per due soli files si può fare.

Perché Moodle ha un file system virtuale così complesso? Tra gli altri motivi, serve anche per la Deduplicazione: puoi pubblicare i medesimi files tante volte in posti differenti essendo certo che Moodle occuperà sempre e solo lo spazio del singolo file e non quello richiesto dalle n copie dello stesso file riutilizzato in tanti posti. La difficoltà di gestione di questi casi è il prezzo da pagare per avere questa feature importantissima per una gestione efficiente dello spazio disco.

HTH,
Matteo