в какой таблице лежат имена(id) загруженных файлов в курс?
Таблица mdl_files - здесь хранятся сведения о всех файлах
в таблице mdl_course_sections есть отсылание на эти файлы (столбец sequence)
я так понимаю это id файла, но в другой таблице
Нет, тут всё сложнее.
sequence - это "порядок" или "последовательность" размещения/следования ресурсов/модулей в секции/разделе курса. Числа в поле sequence - это id из таблицы mdl_course_modules. А уже в этой таблице можно посмотреть тип модуля, курс, номер секции и id самого модуля, чтобы найти его в соответствующей таблице, например, в mdl_page