Merging Custom Moodle Code With Stable Releases - интересное обсуждение (тоже с инструкциями) на схожую тему - как отслеживать изменения и обновлять не теряя своих исправлений (обсуждение по английски).
Плюс - участвует разработчик сайта на базе moodle, на котором реализован родительский доступ и прочие "школьные" особенности. Плюс - ссылка на сайт с GitWeb на котором боле-мене удобно смотреть вносимые в основной поток moodle изменения.
Общий форум
Использование утилиты(!) cvs при обновлении Moodle
На этом форуме установлен лимит сообщений, которые Вы можете создать за заданный период времени - в настоящий момент количество сообщений - 2 за 1 день