Da Clean von Bootstrapbase erbt habe ich folgende Lösungsmöglichkeit gefunden:
Unter moodle/theme/bootstrapbase/config.php
// Main course page.
'course' => array(
'file' => 'columns3.php',
'regions' => array('side-pre', 'side-post'),
'defaultregion' => 'side-post', // Diese Stelle von side-pre auf side-post abändern
'options' => array('langmenu' => true),
),