Rispondo alla mia stessa domanda dopo avere provato a fare quel che avevo in mente.
Per i forum passando da Gruppi separati a Senza gruppi non ci sono problemi, per il wiki invece sì. Si può mettere Gruppi visibili per rendere visibile a tutti ma rimane il legame con i gruppi per cui per vedere tutto bisogna selezionare il nome del gruppo. Ha una sua logica.
In ogni caso non si perde niente, al massimo qualcosa rimane invisibile e usando le impostazioni giuste si recupera perché dovrebbe essere tutto nel database di Moodle.