Dario,
per prima cosa accertati che lo script cron di Moodle sia configurato per girare correttamente e con regolarità. Eventualmente fai scrivere un log dell'elaborazione del cron in modo che tu possa verificarne gli esiti analizzando il log relativo all'orario nel quale hai impostato l'elaborazione delle statistiche.
In funzione del carico sul tuo server potresti provare anche a regolare il tempo massimo di elaborazione.