Estoy de acuerdo con Wenceslao. En estos casos lo mejor es partir de cero y asegurándose de que elegimos las versiones adecuadas de cada cosa.
En la web de XAMPP, ahora mismo se ofrece la descarga de tres posibles versiones (tanto para MS Windows como para Linux y OS X):
Sin embargo, la versión actual 3.0 de Moodle, requiere una versión mínima 5.5.31 de MySQL o MariaDB, por lo que no te valdría la primera de las tres opciones de descarga. Y la última tampoco, ya que actualmente Moodle no funciona con PHP 7. Todo eso está indicado en la "release notes":
https://docs.moodle.org/dev/Moodle_3.0_release_notes
Por eso, si descargas e instalas la opción intermedia de XAMPP (la que he resaltado en color amarillo), después deberías poder instalar Moodle 3.0 sin ninguna dificultad y sin tener que actualizar nada "a mano".
Si tienes dificultades con ello, recuerda indicar los detalles de tu sistema operativo, versiones concretas que estás utilizando de cada cosa, etc.
Saludos.