Hola Diego.
Si necesitas hacer tus queries, aquí puedes encontrar una base.
https://docs.moodle.org/26/en/ad-hoc_contributed_reports
En este caso es para la versión 2.6, cambia el 26 por tu versión.
Moodle llega a la base de datos a través de programas php.
Esos programas están en el servidor (Je, el código php es ejecutado en el servidor).
Cuando personalizamos nuestro Moodle, adaptamos esos programas a nuestros objetivos y son cientos php.
Saludos