Hola Enrique...como dice Paco, Firebug es una herramienta estupenda para localizar partes de tu theme, incluso, ver el resultado en "tiempo real" antes de modificar el código...
Si no quieres instalar Firebug, tienes la opción de utilizar su equivalente que ya viene de "casa" y por defecto en los Navegadores Modernos...por ejemplo Chrome, pulsando botón derecho sobre la página, se desplegará una ventanita donde te permite cargar el "hermano" de Firebug. Pulsa en "Inspeccionar" y listo...
Luego observa en la ventana inferior, que se abre, que en la esquina izquierda, hay un icono, púlsalo, y pon el mouse o ratón sobre la zona a modificar y te llevará directamente a la zona correspondiente del código...
En este ejemplo observa, que he marcado el icono y luego con el raton o mouse, he realziado un "clic" sobre el header del sitio Moodle.org...llevandome directamente a la zona de codigo correspondiente y a su relación css...
Si tienes conocimientos de php, y css, no tendrás problemas, para realizar estos cambios, ahora bien, mi consejo es que si no dominas el asunto, tengas prudencia al modificar el código, pues podría resultar, en un sitio fuera de servicio...
Una buena opción es duplicar el tema, ponerle otro nombre y cargarlo en Moodle...haces los cambios, y si resulta, pues sustituyes el original y listo...Siempre ante cualquier fallo podrás recuperar el tema original y no dejar el sitio sin servicio.
Un saludo...