Например, Вадим. Он скопировал, как и многие, новую версию поверх старой и все патчи почили в бозе (если были). Патчить заново? А если изменения коснулись этих строк (произошел конфликт)? Далеко не каждый администратор Moodle является программистом, знает PHP и обладает достаточной квалификацией, чтобы разрешить конфликт без ущерба для своей базы данных...
Выход есть - вам нужно обновлять патч для новых версий (если необходимо). Данный патч затрагивает 3 или 4 файла. Когда у вас наберется 3-4 патча, а некоторые будут исправлять одни и те же файлы, то к следующей версии вы просто запутаетесь сами где у вас что и к чему это относится... Вы готовы?
ЗЫ: CVS позволит вам прожить без нервотрепки несколько версий системы, но только до первого конфликта. Подробнее о CVS в другой теме (http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=27855)...