Alb, если у вас moodle версии выше, чем 2,0, значит цифровые папки - это то, что досталось вам в наследство от moodle1.9.
Там использовалось хранение файлов в папках. Если так получилось, что эти папки не пусты, значит на этапе переходиа к moodle 2.0 неправильно прошел перенос файлов в файловове хранилище. Высока вероятность того, что эти файлы хоть и лежат до сих пор, но непосредственно в moodle не используются. Для проверки зайдитее с сайт/course/view.php?id=<номер папки>, а сами файлы из папки временно перенесите. Если без этих файлов у вас курс будет нормально продолжать работать, значит эти файлы вам не нужны. Нормально работать - это открываться через файловое хранилище и т.п. Если не работает - то это тема отдельного расследования, через какой плагин это всё подключено.
Сейчас все файлы хранятся в filedir. Там специально 256 папок, чтобы была несложная возможность организации распределенного хранилища. Размер всех папок должен быть примерно одинаков - файлы туда попадают по хэшам, поэтому распределяются относительно равномерно. Поднимаете новое файловое хранилище (при таких масштабах, как мне видится, лучше аппаратное решение, а не сервер с ubuntu). Копируете туда по одной папке из filedir, и заменяете папку на symlink на новое место, потом повторно копируете, на случай если за время копирования файлы добавились и так последовательно. Я бы тут применял rsync для копирования. Можете половину папок перенести на одно хранилище, половину на другое, можете и на большее число хранилищ таким образом масштабировать, если у вас в одно всё не помещается. Это можно делать и не останавливая сервер.
Всё остальное в папке moodledata - это всевозможные кэши. Для повышения производительности их может быть нецелесообразно хранить на сетевом хранилище, может оказаться лучще хранить отдельную копию на каждом сервере приложений.
Если ваш балансировщих запоминает, какая php-сессия с каким из серверов работает, то можно и папку sessions хранить на каждом сервере отдельно. Если не запоминает - то тогда на общем хранилище.
