Olá, Rogério
infelizmente, o que eu posso te dizer é que já vi muita gente tendo vários problemas com MS SQL Server e com Oracle no uso do Moodle, não só na restauração de backup, mas também com os caches de course_modules e outros problemas ainda mais esquisitos.
O que acontece de fato é que o Moodle não é muito testado neste tipo de ambiente devido a falta de acesso por parte das equipes de desenvolvimento (que não tem grana, geralmente, para adquirir uma licença desses softwares).
Sugiro que tentes convencer o pessoal aí a migrar para o MySQL ou MariaDB ou PostgreSQL ;)
Grande abraço,
Daniel