Ciao Mattia,
una volta configurata a mano la cartella $CFG->dataroot in config.php, devi:

1. assicurarti che la cartella che tu vuoi come $CFG->dataroot esista;
2. controllare i permessi associati a quella cartella perché Moodle ci possa scrivere dentro: solitamente si usa 777 che è l'opzione che da meno problemi ma anche quella meno sicura perché è necessario dare i permessi di lettura, scrittura solo all'utente che fa girare il web server per il tuo account senza dimenticare anche i diritti di attraversamento delle folder (x);
3. fare in modo che Apache, il web server, protegga l'accesso a quella cartella quindi seguendo i consigli di quel link devi creare un file .htaccess come indicato anche nella documentazione. Quando lo hai creato devi provare a puntare il browser su un file contenuto nella $CFG->dataroot e aspettarti una risposta di accesso negato per essere sicuro che nessuno mai possa accedere arbitrariamente ai tuoi dati.

L'errore che ricevi potrebbe essere dovuto a (1) ma molto pià probabilmente a (2).

HTH,
Matteo