Ciao Matteo,
puoi modificare il codice core di Moodle in https://github.com/moodle/moodle/blob/b5fc5675a207380d055f5a3d58ae3c84db606ad1/lib/resourcelib.php#L232, cioè modificare
<object id="resourceobject" data="$fullurl" type="application/pdf" width="800" height="600">
secondo le tue necessità: la modifica si applicherà a tutti i PDF.
Se invece vuoi fare la modifica per PDF allora devi aprire un issue nel Tracker di Moodle perché attualmente non è previsto e non sarebbe una semplice modifica al core.
HTH,
Matteo