Ciao Cristina,
purtroppo ora non c'è possibilità di associare SRT a video anche se il nuovo player di Moodle ne avrebbe la possibilità: http://flash.flowplayer.org/plugins/flash/captions.html.
Nel Tracker si trovano vaghe menzioni per altri progetti (https://tracker.moodle.org/browse/CONTRIB-4029) ma nulla più ed è strano perché secondo me l'uso combinato di video - piccoli altrimenti varebbe la pena utilizzare servizi di hosting ottimizati in storing&streaming es.: YouTube e Vimeo - e sottotitoli può essere molto utile alla didattica: attualmente c'è solo un "esperimento" in tal senso che sembra non più seguito dalla 2.5, https://moodle.org/plugins/view.php?plugin=mod_elang. Nel passato (1.9) si poteva fare uso di https://code.google.com/p/moodle-mplayer/wiki/Captions.
HTH,
Matteo