Обычно я обновляю мудл в ручную. Т.е. заменяю файлы в директории и правлю файл конфига. Затем после пары авто-настроек сайт работает.
Задался вопросом: Есть ли у мудла автообновления. Что-то типа заходишь в администрирование, выбираешь обновить и он сам всё делает?