Cuando eliminas un usuario desde Moodle, no se elimina en la base de datos su registro, sino que en el campo DELETED se almacena un valor de 1.
Si hicieras una consulta en tbl_user de los usuarios con valor 0 en deleted, entonces debería coincidir con los usuarios que te muestra Moodle.
Si quieres optimizar tu base de datos, podrías eliminar los usuarios que tengan valor 1 en deleted.
Lo anterior es con base en mi experiencia y a reserva de que alguien tenga otra opinión diferente.
Saludos.
Miguel