Sim eu já olhei estes arquivos do tema um por um;
Como você comentou tem um arquivo config.php, nele tem $THEME->layouts definindo qual layout (theme/layout) será usado quando uma determinada página (course, login, admin etc.) for chamada.
$THEME->sheets, definirá os arquivos de .css que serão incluídos na página, da mesma forma como $THEME->javascripts define os arquivo de .js que serão incluidos na pagina.
na pasta theme/layout fica os arquivos de layout
na pasta theme/style os arquivos .css
posso criar uma pasta theme/javascript onde ficará os arquivo .js
Bom com base nisso estou dando uma brincada criando um thema novo.