Que tal Luis Ángel,
es importante que indiques que versión estas trabajando, de ser posible las caracteristicas del servidor en donde estas instalando, (linux, windows), que versiones de Apache, PHP, MySQL, MariaDB, IIS, etc. es con la intención de conocer mas sobre el entorno en el que estas instalando u actualizando.
De manera inicial te puedo comentar que para mí, es un problema con la configuración de tu BD, tuve un problema similar con una instalación y el tema era que versiones recientes de Moodle requieren de mas recursos para su instalación, principalmente en memoria, yo estaba instalando sobre MySQL, y la configuración que tenia por default me generaba un problema similar, cambiando el tamaño de la variable max_allowed_packet a 16 Mb (max_allowed_packet = 16M) en el my.cnf de MySQL, en mi caso como era instalación nueva borre la BD de datos y volvi a empezar con el proceso, en tu caso si es actualización no estoy seguro de como se comporte, si con solo eliminar la tabla temporal que no te deja avanzar sea suficiente.
Salu2.