Hasta donde sé, para que funcione esa parte de finalización de curso, es necesario que tengas configurado y ejecutándose correctamente el CRON de Moodle.
Cuando un estudiante realiza una actividad que es parte de la finalización del curso, no se marca hasta que se haya ejecutado el CRON. Puedes hacer la prueba entrando como estudiante, haciendo una actividad y verás que no se marca. Pero, si manualmente ejecutas el cron (pensemos que es con http://www.misitio.com/moodle/admin/cron.php) verás que de inmediato esa actividad ya aparece como finalizada en el esquema de finalización del curso.
Mi sugerencia sería que el CRON estuviera habilitado para que se ejecute cada 5 minutos y éste sería el máximo tiempo que podría pasar un usuario sin ver su actividad como finalizada en ese bloque.
¡Saludos!