1/ le mode maintenance n'empêche pas les visiteurs de voir la page (et d'interagir dessus !) "Voulez-vous mettre à jour maintenant votre Moodle" ! Attention donc : quand vous mettez à jour les fichiers de Moodle, faites la MAJ dans la foulée !
2/ dans mon cas (passage de 2.5.5 à 2.7.1), le processus de mise à jour via le navigateur s'arrête à mod_assign (j'ai pu voir un traitement sql un peu long sur mon serveur de BD). Pour info, il y a 3000 lignes dans la table assign. J'ai donc du relancer le processus de mise à jour (qui continue là où il s'est arrêté). Peut être est-il préférable d'exécuter la mise à jour en ligne de commande :
sudo -u www-data /usr/bin/php admin/cli/upgrade.php --non-interactive
(je le fais pour les MAJ mineures, je ne l'ai pas encore faire pour une majeur)