y porque no instalas el módulo MySQL Admin que funciona completamente integrado con Moodle? Puedes descargarlo en http://download.moodle.org/modules/integrations.php
Solo tienes que descomprimirlo en el directorio dentro del directorio admin de tu servidor Moodle y una nueva opción de "Administrar BD" te aparecerá en la pantalla de administración.
Desde ahí puedes reparar las tablas cómo y cuando quieras, además de realizar copias de seguridad de la BD y otro montón de cosas.
Ciao