Hattori様
お返事が遅れてもうしわけございません。
最新バーションのマニュアルはございませんが、下記の資料があります。
1.インストール手順等
http://moodle.org/doc/?lang=ja
2.日本語教師用マニュアル（刈谷先生のVer1.2邦訳）
http://ds.cc.yamaguchi-u.ac.jp/~lala/moodle/doc/Matt_Riordan_Moodle_1_2_ja.pdf
3.英語教師用マニュアル（Ver1.4）
http://moodle.org/docs/