Ciao Riccardo,
Se il tuo sito Moodle versione 2.3 utilizza una fonte di autenticazione esterna, come ad esempio LDAP o Active Directory, gli account rimarranno gli stessi anche in un altro sito Moodle agganciato alla stessa fonte.
Se il tuo sito utilizza solamente gli account manuali, ti può essere utile approfondire l'"hashing" ed il "salting" che Moodle utilizza per memorizzare le password e le differenze di salting tra Moodle 2.3 e 2.7:
Tieni presente che dalla versione 2.3 è possibile migrare direttamente alla versione 2.7 (http://docs.moodle.org/27/en/Upgrading), quindi se vuoi mantenere gli stessi account potresti migrare l'intero sito mantenendo i dati e gli account. Nel caso tu voglia comunque creare un nuovo sito parallelo, potresti duplicare il sito attuale, migrarlo a 2.7 e poi eliminare dal nuovo sito ciò che non ti occorre più. Tuttavia, trattandosi di due siti separati dove ogni sito usa la propria autenticazione interna, nel tempo gli account tenderanno fisiologicamente a disallinearsi ed è inoltre è buona pratica avere password diverse per siti diversi.
Qualora i due siti dovessero avere comunque vita parallela, potresti anche valutare di usare uno dei due siti come fonte di autenticazione attraverso il Moodle network: http://docs.moodle.org/27/en/MNet.