Hola
Me parece bien, considerando la lógica institucional me parece que está bien en el sentido de que los estudiantes sabrán ubicarse.
Un dato accesorio, en el bloque de navegación a los usuarios se le listan los cursos a los que está inscripto, por lo que de ahí pueden dirigirse a cualquier curso en el que esté matriculado. Además, con la opción al estilo "my moodle", la página de inicio predeterminada:
Con esto, tienes 3 posibilidades: "Inicio del Sitio" (defecto) donde se ve el sitio tal cual está; "Área personal", esta es una página en donde de entrada se listan los cursos a los que está matriculado el estudiante (con esto le ahorramos a un usuario el trabajo de buscar sus cursos en las categorías) creo que es principalmente útil en plataformas grandes o de muchos cursos, o muy masivas como me imagino es tu caso; además el usuario puede añadir bloques ya que tiene permiso de edición en su área personal. La tercer posibilidad es darle la opción de optar al usuario por cualquiera de las dos opciones anteriores.
Como cada categoría puede tener su propio theme, es factible darle una identidad visual a cada carrera, por ejemplo. Creo que eso ayuda a darle coherencia a los cursos de una misma categoría. Ah, y está el caso de que si hay materias comunes entre carreras o semestres ¿te ocurre? porque en esos casos se complica un poco ya que es un único curso donde se dictaría, es decir en un único lugar. Te recomiendo estudies el asunto de las cohortes para la carga de usuarios ya que te puede simplificar (mucho) las cargas posteriores a los cursos.
De cualquier manera me parece válida y clara tu resolución.
Mucha suerte,
Mario