Hola José,
Moodle tiene un excelente apoyo para la enseñanza y evaluación de matemáticas.
En la documentación en idioma inglés encontrarás la mayor documentación actualizada en http://docs.moodle.org/27/en/Category:Mathematics .
Algunas de estas páginas ya están traducidas al español en http://docs.moodle.org/all/es/Categoría:Matemáticas .
Saludos desde la Ciudad de México.