Olá Maurício!
Para replicar a base de dados você deve fazer um dump completo.
No postgres, por exemplo, faça
pg_dump -U usuario -h ip_servidor nomedobanco > nomedobanco.sql
Consulte a referencia de seu SGBD se não for postgres. Se preferi usar uma ferramenta de administração, fique a vontade.
Depois você deve instalar o mesmo SGBD em outra máquina, respeitando as compatibilidades entre versões do SGBD, e fazer o restore deste dump. No postgres, por exemplo, faça
psql -U usuario -h ip_do_servidor -f nomeodabanco.sql nomedobanco
Para montar o mesmo Moodle que você tem no Linux em um servidor Windows, você deve instalar e configurar o servidor WEB apache e o SGBD, se for usar IIS tem de fazer o PHP funcionar nele. No site de documentação do Moodle tem informação suficiente para ajudar nisso. Depois de configurado, basta mover a pasta Moodle e moodledata para o root do servidor web e ajustar o config.php.