Буквально на днях обновлял Moodle с 2,2 до 2,7. Причем предварительно пришлось переносить на другой хостинг - beget.ru, т.к. версия MySQL была ниже требуемой. Все прошло гладко. Конечно никаких дополнений (плагинов и т.д.) не было установлено.
Если кому-то интересно - вот инструкция по которой делал - Обновление Moodle