Hola
No indicas la versión, que es un dato básico.
En todo caso, en las instalaciones actuales NO es posible importar los usuarios de una plataforma a otra manteniendo las contraseñas, esto es, si puedes hacer la migración los usuarios tendrán que poner una nueva contraseña en su primer acceso. En general no es una buena práctica para mover usuarios. Un hilo reciente al respecto:
https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=261549#p1133674
Sobre exportar usuarios con las acciones masivas es muy simple, una vez tengas el listado, subirlos a la nueva plataforma y matricularlos en uno o varios cursos o grupos es fácil con las opciones de subida de alumnos desde un texto plano:
http://docs.moodle.org/all/es/Subir_usuarios
En caso de errores en la plataforma, activar el modo depuración puede ayudar a acotar el problema. En todo caso es relativamente frecuente que haya problemas en servidores compartidos haciendo copias de seguridad de cursos complejos, ya que los recursos de ese tipo de alojamientos son bastante limitados.
Un saludo