Bem, depende muito da forma da sua organização, mas o que faço é
POLO->CURSO->TURMA->disciplinas
onde polo, curso e turma são categorias, e disciplinas são os Course, no moodle
Vou dar um exemplo, eu trabalho com o exercito, e tem o polo da ECEME, com diversos cursos, um deles é o Treinamento de Oficiais, e ocorre a cada 6 meses então fica
ECEME->Treinamento de Oficiais->TO-2014-1->Introdução ao AVA
ECEME->Treinamento de Oficiais->TO-2014-1->Doutrina XPTO
....
Agora os papeis,
O coordenador de Polo tem que ter acesso a todos os cursos, turmas e disciplinas do polo, então criei um perfil chamado coordenador de polo e o associei a categoria POLO, no caso ECEME.
O coordenador do curso tem que ter acesso a todas as disciplinas de todas as turma, então eu criei um perfil chamado coordenador de curso e o associo a categoria CURSO, que no caso é Treinamento de Oficiais.
Tem também professores que participam de todas as disciplinas de uma turma, então associo a categoria TURMA (TO-2014-1)
E tem tutores que só tem acesso a uma única disciplina, então associo à disciplina especifica
Os aluno podem ser associados a TURMA, já que vão ter acesso a todas as disciplinas, mas pode ter casos que os alunos fiquem na disciplina, por exemplo, dependência, ou talvez precise que os alunos fique separados para um trabalho de final de curso, eu particularmente os coloco todos na disciplina, e não na turma.