Hola Antonio, disculpa la demora.
Trato de explicarme un poco mejor.
En primer lugar puedes optar por tener un curso idéntico por cada institución y no hay problemas. En segundo lugar usar un curso pero con grupos separados, que es la opción por la que te inclinas. Si fuerzas el modo de grupo a nivel de la configuración del curso forzarás a todas las actividades se configuren de esa manera:
Solamente el foro de tipo debate sencillo genera inconvenientes en grupos separados. Luego en el foro de novedades sólo anuncian los profesores (los estudiantes no tienen permisos allí). Pero el caso del foro de uso general, cada persona plantea un tema y PyR no hay problemas y funciona bien lo de los grupos separados.
A lo que me refiero es que, dada la siguiente configuración en la actividad foro, en los "ajustes comunes del módulo" (recordemos que el modo de grupo está forzado):
Arriba a la izquierda (que no a la derecha) aparece un desplegable en la vista del foro:
Desde allí seleccionas el grupo. El detalle está aquí si el docente no selecciona ningún grupo (en el desplegable aparece todos los participantes, la vista por defecto) el resultado es que se envía un mensaje a todos los grupos, pero ninguno de ellos podrá responderlo en el foro. Para evitar esto el docente debe primero seleccionar el grupo al que va dirigido el mensaje, solo entonces pulsamos en "colocar un nuevo tema de discusión" y antes de pulsar en "enviar al foro", debajo, veremos a qué grupo estamos dirigiendo el mensaje:
Entonces si tengo el mensaje "A" que deseo que le llegue a todos los grupos del foro para que cada uno participe en ese hilo de discusión (uno por grupo, separados), deberé repetir el procedimiento enviando un mensaje "A" por cada grupo que exista, de esa manera cada miembro de cada grupo podrá participar en su mensaje "A" correspondiente ¿me explico?. Si no seleccionase ningún grupo, el mensaje les llega todos, pero nadie más que los docentes verán el botón de "responder", al pie del mensaje "A", en el foro.
El desplegable de los grupos en el foro sirve para filtrar los mensajes de cada grupo al profesor. Que siempre debe cuidar el detalle de que si tiene que enviar un mensaje a un grupo en particular (o a todos en el ejemplo anterior) debe siempre primero seleccionar el grupo deseado antes de pulsar en "colocar un nuevo tema de discusión". Caso contrario podemos prestarnos a situaciones no deseadas e inconvenientes para la resolución de las consignas. Huelga decir que los mensajes y respuestas que publican los alumnos quedan circunscriptos a sus grupos respectivos, sin que puedan verlos el resto; sólo los profesores pueden ver todo.
Espero no haberla liado demasiado, pero así es con los grupos separados en la versión 1.9... el asunto es en las "avanzadas" de la actividad tildar la opción "disponible sólo para los miembros de grupo".
Luego avísanos cómo lo resuelves. Y ya, vete preparando para migrar que todo es más sencillo y dúctil en la rama 2 
Nota: en algún momento de la captura de pantallas no podía encontrar la lista desplegable de grupos y en el proceso habilité el modo "agrupamientos" (grupo de grupos) en la instalación. Esto también introduce una variable más al trabajo con grupos, al poder hacer que ciertas actividades y hasta algunos recursos estén disponibles para algunos grupos y no a otros, diferenciando los insumos que les damos.