Per favore puoi chiarire meglio il discorso delle stesse credenziali ? Ad esempio, supponiamo che tu abbia un account che sia amministratore del sito, l'account usi l'autenticazione manuale, lo username sia "admin" e la pw sia "adminpass".
Nella schermata d login del tuo sito inserendo le credenziali corrette (vanno sostituite quelle ipotetiche con le tue credenziali reali) ti autentichi senza problemi. Da quel che capisco questa ipotesi è vera.
Ora, un account diverso dall'account amministratore, che supponiamo abbia username "auser" e password "userpass" con autenticazione "account via email", inserisce le credenziali "auser" e "userpass" ma riceve "login error" (naturalmente dovrai sostituire "auser" a "userpass" con le credenziali di un tuo utente reale). E' questa la problematica che riscontri ?
Se si, come hai verificato che "auser" abbia le tue stesse identiche credenziali ? Forse "auser" ha la stessa password del tuo account "admin" e la combinazione "auser" + "adminpass" consente all'utente di autenticarsi ? Diversamente, con quali credenziali riesce ad autenticarsi "auser" e quale account risulta autenticato ?
Come risulta lo username di "auser" accedendo al suo profilo? Se al profilo non accedi, nella tabella "mdl_user" presente nel database di Moodle come risultano gli username degli utenti? (Da notare che il prefisso "mdl_ " può essere diverso nella tua installazione)
Nella stessa tabella, gli hash delle password degli utenti che non si autenticano, sono forse uguali all'hash della password dell'amministratore ?
A titolo informativo va ricordato che affinché un utente il cui account è collegato ad un determinato tipo di autenticazione possa autenticarsi, quel metodo di autenticazione deve essere attivo. Probabilmente hai già controllato che il metodo di autenticazione "account via email" sia attivo, in caso contrario può valere la pena verificare la cosa in Amministrazione del sito > Plugin > Autenticazione > Gestione autenticazione".
P.S.
Moodle 2.5 è ora alla release 2.5.5+ con molte fix, anche di sicurezza. E' buona pratica tenere aggiornato il proprio sito.