Если у Вас филиалы абсолютно изолированные, то вообще проще на каждый филиал отдельную копию поднять. Если у вас всё-таки изоляция не абсолютная, и должны быть пользователи, которые контролируют весь процесс по всем филалами, то надо задать вопрос, почему у вас аудит централизованный, а база пользователей при этом не централизованная. С LDAP или лругой внешней БД хороший вариант, он позволяет дать отдельным пользователям полномочия на редактирование списков пользователей только внутри отдельных подразделений