Bonjour,
Tout dépend du nombre de cours, mais si vous êtes gestionnaire de votre Moodle, vous pouvez lancer plusieurs sauvegardes successives ou simultanées sans entrer dans chaque cours à l'aide du menu "gestion des cours".
En fin de sauvegarde, le téléchargement du fichier de sauvegarde xxxxx.mbz se fait là où vous l'avez spécifié habituellement dans votre navigateur Web. Généralement le dossier "téléchargements". Ce paramètre n'a rien à voir avec Moodle mais avec la configuration de votre navigateur.
Sinon tous les cours de la plate-forme sont dans le dossier Moodledata sur le serveur, qui peut être copié globalement. Mais dans votre cas je ne vois pas l'intérêt.
Par contre une solution beaucoup plus pratique si vous avez activé les sauvegardes automatiques, est tout simplement de télécharger directement vos cours depuis le dossier de sauvegarde du serveur.
Avec votre gestionnaire de fichiers de l'hébergement, ou un client FTP.
C'est ainsi que je procède de mon côté. On y trouve en effet la dernière version modifiée de tous les cours.